2019年5月，学校设立专职内部审计机构——审计处。审计处是学校主管内部审计工作的职能部门，在学校党委、主要负责人直接领导下开展内部审计工作，业务上接受海南省审计厅内部审计指导监督处、海南省教育厅审计处的指导和监督。审计处内设综合审计科、财务审计科和工程审计科。审计处现有审计人员7人，正高职称1人，副高职称3人，中级职称3人。2024年3月，学校成立党委审计委员会，办公室设在审计处。审计处依照国家法律、法规、政策以及上级部门和学校的规章制度，对学校及所属二级单位有关经济活动的真实、合法和效益行为进行独立监督和评价。